Na obszarze Brudzeńskiego Parku Krajobrazowego znajdują się trzy rezerwaty przyrody, są to obszary o ochronie częściowej. Dwa z nich to rezerwaty leśne – rezerwat Brwilno i Brudzeńskie Jary, trzeci to rezerwat krajobrazowy – Sikórz.
Rezerwat przyrody Brwilno położony jest w południowej części BPK na krawędzi skarpy wiślanej i jednocześnie granicy kompleksu leśnego. Powierzchnia rezerwatu wynosi 65,68 ha. Obecnie ochronie podlega tu przede wszystkim fragment pradoliny Wisły o niezwykle urozmaiconej w skali regionu rzeźbie terenu. Jest to porozcinana krawędź wysoczyzny polodowcowej opadająca stromym zboczem ku Wiśle, którą porastają stosunkowo rzadkie już zbiorowiska dąbrowy świetlistej i grądu wysokiego. Deniwelacje sięgają 26 m. Wykształcenie tych zbiorowisk sprzyja południowo-zachodnia – ciepła ekspozycja stoku cechująca się intensywnym naświetleniem. Miejscami ze szczytu skarpy rozciągają się rozległe widoki na wody Jeziora Włocławskiego. Dominującymi gatunkami w drzewostanie są obydwa gatunki dębów – szypułkowy i bezszypułkowy z domieszką sosny pospolitej. Podrost tworzy grab i leszczyna, natomiast w warstwie krzewów występują gatunki ciepłolubne: wiciokrzew suchodrzew, grusza polna, śliwa tarnina, dereń świdwa i szakłak pospolity. W skład warstwy zielnej wchodzą: bogatka, pięciornik biały, ciemiężyk białokwiatowy, wyka kaszubska, dzwonek brzoskwiniolistny, naparstnica zwyczajna, miodunka wąskolistna, dziurawiec skąpolistny, bukwica zwyczajna, groszek czerniejący i gorysz siny. Łącznie stwierdzono występowanie 6 gatunków mchów i 203 gatunki roślin naczyniowych. Wraz z naturalnym rozwojem drzew następuje ocienienie runa i ustępowanie roślin ciepłolubnych.